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肉豆蔻主要采用种子繁殖，留种应选稳产、高产、粒大、种仁饱满、无病虫害的优良母树上结了的完全成熟自然裂开的果实。随采随播，或用湿沙贮藏。
种子失水干燥即丧失发芽力。苗床土壤要松软肥沃，行株距10cm×5cm，穴播，种脐向下，保持荫蔽湿润，约60天发芽，至真叶将展出时蔬苗移栽。幼树要艿蔽，苗高20-30cm时定植。在春季3-4月或秋季8-10月选阴雨天种植，行株距5m×4m，穴深宽各60cm，每穴植苗1株。
幼树生长缓慢，需荫蔽，可在行间种植高杆绿肥，并勤浇水。由于冠幅大，根系浅，作纯林种植时要先种植防风林带，在台风频繁地区必须进行防风。
每年施肥3-4次，以有机肥为主，配合化肥。幼龄期每株追施有机肥5-10kg或尿素25-50g，冬季施堆肥。以后随树龄增加，逐渐加施肥料。
病害有斑点病、疫病，可用波尔多液1：1：120倍液或敌克松500倍液喷射；锈腐病、菌核病用50%多菌灵或甲基托布津500倍液浇灌病穴。 另有位枯病、根腐病等为害。
虫害有蛴螬、地老虎、蝼蛄、金针虫等。
采收定植后6～7年开花结果，10年后产量增多，25年达盛产期，结果期为60～70年。全年都有果实成熟，但有2次为熟果盛期，第一次为5～7月，第二次为10～12月。
加工采摘成熟果实，除去果皮，剥去假种皮，将种仁用45℃的低温慢慢烤干，经常翻动，温度先高后低，干种仁摇之作响即可。若高于45℃，脂肪溶解，失去香味，质量下降。新鲜的假种皮含水分约50%，放在棚内风干至色泽发亮、皱缩，再压扁后晒干，从鲜红色变为橙红色即为干假种皮。
